Les Archives départementales des Alpes-Maritimes, créées à la suite de l’annexion du circondario de Nice à la France en 1860 s’installent, de 1860 à 1875, au 1er étage d’un appartement loué au comte de Pierlas, n° 1 de la rue du Saint-Suaire à Nice. Le premier archiviste aurait dû être Mercuri, que l’Empereur connaissait et voulait placer mais qui ne prend pas ses fonctions. Pour le seconder, sont nommés aides-archivistes l’ancien vice-consul de France à Nice Borg († 1869) et un ancien magistrat colonial ayant exercé à la Martinique et au Sénégal, Gallois-Montbrun († 1875). Il est jusqu’à sa mort archiviste des Alpes-Maritimes sans en avoir le titre, refusant à près de 70 ans de se présenter au concours d’archiviste-paléographe. Le premier enrichissement notable vint de l’arrondissement de Grasse dont les archives conservées (fonds des évêchés de Grasse et de Vence, de l'abbaye de Lérins et couvents divers) sont collectées non sans difficulté aux Archives départementales du Var.

Jeune archiviste bourguignon sortant de l’École des chartes, Henri de Flamare ne reste que six ans dans les Alpes-Maritimes avant de rejoindre la Nièvre. Il installe les Archives dans les locaux de la Préfecture. Il publie une étude sur les églises romanes de la région de Nice en 1878 et sur le prieuré Saint-Michel de Vintimille dépendant de Lérins. Il prépare une édition du cartulaire de Lérins pour la Société niçoise en 1882.

Lui succède un autre jeune chartiste qui fait l’ensemble de sa carrière à Nice, Henri Moris. Sous son impulsion, les Archives du département connaissent un grand développement et reçoivent un accroissement notable : les fonds d’Ancien Régime et plusieurs minutiers de notaires. Il publie en 1913 deux des principaux inventaires d’archives anciennes (séries des clergés séculier et régulier, G et H). Il entreprend également la rédaction de l’inventaire de la série L (période révolutionnaire) à laquelle il consacre de nombreuses publications. Il édite le cartulaire de l’abbaye de Lérins (un volume et son supplément), ainsi qu’une histoire de cette abbaye.

Robert Latouche, jeune archiviste du Tarn-et-Garonne, s'efforce durant 7 ans de remédier, par des moyens de fortune à la vétusté de locaux saturés, défectueux, sans salle de tri, et composés de petites salles obscures au voisinage de la chaudière, du chauffage central et de tuyaux de chauffage. Les archives continuent de s’accroître : fonds du tribunal de Nice, fonds de l’insinuation du comté de Nice (1816-1860) et du tribunal de commerce de Nice (archives remontant au XVIIIe siècle). Il parachève l’inventaire de la série L publié en 1924 et commence un relevé des fonds de l’Archivio di Stato de Turin concernant le comté de Nice pour préparer la publication d’un inventaire du fonds « città e contado di Nizza » achevé par son successeur. Nommé à la faculté des Lettres de Grenoble en 1927, il continue à consacrer des travaux à la région niçoise, publiant notamment en 1951 une importante Histoire de Nice en 3 tomes.

Après le Tarn-et-Garonne, la Charente puis le Vaucluse, Léon Imbert entre en fonction dans un dépôt vétuste comptant 5 kilomètres de rayonnages. Il s’attache en priorité à trouver un bâtiment d’archives, la chapelle de l’ancien grand séminaire à Cimiez, aménagée de façon moderne, avec monte-charge électrique en 1934. Les versements administratifs deviennent plus volumineux (services de l’enregistrement, juridictions…) ; les dépôts de minutes notariales et d’archives communales sont stimulés par les lois de 1924 et 1928. Il classe notamment le fonds de la préfecture sous le Consulat et l’Empire. Conservateur des antiquités et objets d’art de 1928 à 1943, il fait un relevé des peintures murales et du mobilier des chapelles du pays niçois, dont il publie les inventaires dans Nice historique de 1947 à 1951 et dans L’art religieux ancien dans le comté de Nice en 1932. À l’heure de la retraite, Léo Imbert mène à bien le classement de la bibliothèque du chevalier de Cessole et reste rédacteur en chef de la revue Nice historique de 1936 à 1955 où il publie de nombreuses études.

Durant 37 ans, Ernest Hildesheimer marque de son empreinte les Archives départementales. Il s’occupe au lendemain de la Seconde Guerre mondiale et des négociations avec l’Italie de la remise à la France d’archives de la maison de Savoie conservées à Turin concernant l’histoire du comté de Nice, et du transfert vers les administrations françaises des archives locales intéressant les deux nouvelles communes françaises de Tende et La Brigue. Parmi les nombreuses entrées d’archives, on note les minutes médiévales de notaires grassois. On doit également à cet archiviste érudit l’inventaire du chapitre cathédral de Nice (2 G) et de la série B (sénéchaussée de Grasse et justices subalternes), un Guide des archives des Alpes-Maritimes (1974) ainsi que de très nombreuses publications, notamment dans la revue Nice historique dont il est longtemps le rédacteur en chef. De nombreuses décorations récompensent sa carrière.

Directeur-adjoint dans le Loiret, Rosine Cleyet-Michaud prend la direction des Archives lorsque se prépare le chantier de déménagement des archives, dans le nouveau Centre administratif des Alpes-Maritimes (CADAM). En 1982, le bâtiment est inauguré à l’occasion du congrès des Archives de France qui se tient à Nice ; un second archiviste-paléographe est pour la première fois nommé comme adjoint, Geneviève Étienne. Le personnel s’accroît notablement ; les laboratoire photographique et atelier de restauration sont créés, l’informatisation précoce de l’ensemble des inventaires est entreprise. Une masse considérable d’archives contemporaines est collectée. Sous l’impulsion de Geneviève Etienne, les dépôts des communes s’amplifient, l’action culturelle est fortement développée avec la réalisation d’expositions et l’acquisition d’un archivobus pour desservir le haut-pays. Enfin les liens avec l'Université sont renforcés, marqués entre autres par l'organisation en commun de plusieurs colloques et la création d’un enseignement d’inititiation à l’archivistique.

En poste à Lorient, Bastia puis Digne, Jean-Bernard Lacroix est nommé en 1992. Se succèdent comme directrices-adjointes Geneviève Etienne, Marie-Laure Robinson puis Hélène Cavalié en 2009.
À partir de 1997, les Archives engagent un vaste projet de  numérisation ; les cartes postales sont le premier chantier. En 2000, le Département crée son premier site Internet avec l’accès à l’ensemble des bases de données des Archives, suivi le 26 septembre 2005 de la mise en ligne de l’ensemble des registres paroissiaux et de l’état civil jusqu’en 1903, pour l’inauguration de la nouvelle extension du bâtiment des Archives.
Au 1er janvier 2013, les Archives départementales offrent 6,3 millions de pages aux internautes et conservent 34 kilomètres d’archives. Elles réalisent chaque année une grande exposition accompagnée d’un catalogue.

En poste successivement dans les Vosges puis en Haute-Savoie, Yves Kinossian est nommé en août 2013 ; en juillet 2016, Anne Jolly prend les fonctions d’adjointe, en remplacement d’Hélène Cavalié. Anne-Sophie Liénhard lui succède de juillet 2019 à août 2021. Jasmine Tillam lui succède de juillet 2022 à novembre 2024. Les deux chantiers majeurs portent sur la réinformatisation du service avec la création d’un portail internet, ainsi que l’extension d’un bâtiment saturé avec près de 40 kilomètres linéaires d’archives. Les premiers versements d’archives électroniques commencent par ailleurs à l’été 2018.